GMoM features two playable characters, Godzilla and Mothra. The player uses both monsters in turn by selecting the desired creature on a virtual gameboard, representative of the planet it is on, and moving it like a chess piece. Each space is a hexagon that represents playable, side-scrolling levels. There are several varieties of levels including forest, mountain, enemy base, sub-space, and ruined cities. Игра представляет собой отчасти бродилку с видом сбоку, а отчасти некое подобие шахмат или стратегии. На поле из шестигранников находятся враги, ваши персонажи и пустые клеточки. Перемещаться по ним можно, пройдя кусочек уровня, где по земле бегает большая Годзилла или летает бабочка - Мотра. В зависимости от наличия на клеточке перед уровнем вражеской фигурки, последний заканчивается сразу или после боя с боссом. Японская версия игры несколько отличается от американской. В частности, заставкой и музыкой к ней, а также музыкой в истории.